Действие аниме разворачивается в Японии, где период феодализма переплетается с ранним индустриальным развитием. В этом мире самураи и сегуны сосуществуют с паровыми машинами, создавая уникальную атмосферу. Однако, за несколько лет до начала повествования, среди людей начал распространяться смертельный вирус, превращающий их в агрессивных нежити, известных как «кабанэ». Эти монстры, защищенные бронированным сердцем, могут быть побеждены только путем его разрушения. Обычное оружие оказывается бессильным против них, и люди вынуждены укрываться в укрепленных станциях, перемещаясь между ними на защищенных поездах.

Главный герой, Икома, механик в городе Араганэ, потерял своих близких из-за кабанэ и теперь стремится противостоять этим ужасным созданиям. Он разработал новое оружие, способное противостоять кабанэ, но ему нужно проверить его эффективность в реальной битве. Однажды, когда поезд, захваченный кабанэ, срывается с рельсов в Араганэ, начинается хаос. Икома использует эту катастрофу как шанс для испытания своего изобретения. Оружие оказывается эффективным, но в ходе сражения Икома получает укус от кабанэ, что приводит к его частичному превращению в кабанери. Теперь он обладает невероятной силой и способностью противостоять кабанэ, но и сам становится наполовину монстром.

Вместе с другими выжившими жителями Араганэ, Икома отправляется на поезде «Железная крепость» в направлении Конгокаку, самого укрепленного города, где он надеется найти ответы и способы противостоять ужасу, который теперь является частью его существа.