Действие аниме разворачивается вокруг девушки по имени Ноль Два, чье имя на самом деле является кодовым обозначением. Этот код разделяют и другие обитатели ее мира. В начале истории Ноль Два сталкивается с амнезией, вызванной неизвестными причинами. Единственное, что она помнит, — это свое заключение в тюрьму. Что было до этого, она не может вспомнить. В ее памяти время от времени мелькают образы женщины, которая, казалось бы, играла роль ее матери. Эта женщина многое сделала для формирования личности Ноль Два, включая подарок — книгу с картинками, которая стала для девушки источником вдохновения.

Однако, сама книга не вызвала у Ноль Два особого интереса, в отличие от картинок. Вскоре выясняется, что несколько лет назад над главной героиней проводились странные эксперименты в таинственном месте, известном как «Сад». Это была лаборатория, где проводились эти необычные исследования. В «Саду» Ноль Два встречает мальчика по имени Хиро, известного как Ноль Шестнадцать. Вместе они решают бежать, но их поимка происходит быстро. В этот момент Хиро обещает Ноль Два жениться на ней, но их память полностью стирается, и они забывают друг друга.

Спустя время Ноль Два начинает вспоминать о человеке, который когда-то был ей дорог. Эти воспоминания становятся для нее мотивацией, чтобы найти его любой ценой. История полна тайн и открытий, которые раскрывают прошлое Ноль Два и ее связь с Хиро. Вместе они должны разгадать загадки своего прошлого и найти способ противостоять тем, кто пытался стереть их существование. Это путешествие по памяти и прошлому становится для них испытанием, которое может изменить их будущее.