После 20 000 лет странствий по космосу, Харуо Сакаки возвращается на Землю, чтобы обнаружить, что планета преобразилась до неузнаваемости. Вместо привычных пейзажей он видит мир, где флора и фауна превратились в чудовищных монстров, а сама Земля стала планетой-монстром, управляемой гигантской Годзиллой высотой в 300 метров. Человечество, оставшееся на краю вымирания, вынуждено сражаться за своё существование в этом новом, враждебном мире.

В поисках способа победить Годзиллу, Харуо встречает племя Хутуа, потомков древних землян. Сёстры-близнецы Маина и Миана, представители этого племени, ведут его к древнему оружию — Меха-Годзилле, которое, несмотря на тысячелетия, сохранило свою мощь и превратилось в самогенерирующийся нанометалл. Этот нанометалл, разросшийся за столетия, создал целый Город Меха-Годзиллы, который теперь может стать ключом к уничтожению монстра и спасению человечества.

Теперь Харуо стоит перед выбором: использовать древнее оружие для борьбы с Годзиллой или искать другой путь. Вместе с Маиной и Мианой он должен раскрыть тайны нанометалла и понять, как управлять им. Но время неумолимо, а Годзилла уже на пороге. В этой схватке за судьбу Земли, Харуо и его новые союзники столкнутся с непредсказуемыми испытаниями и ужасами, которые могут изменить мир навсегда.