В 2029 году город Ниихама превратился в мегаполис будущего, где прогресс в области кибернетики позволил жителям заменять свои тела на механические аналоги. Этот город, полностью интегрированный с глобальными сетями, стал ареной новых угроз безопасности. 9-й отдел общественной безопасности принял на себя миссию по борьбе с преступлениями, вызванными кибернетическими угрозами, коррупцией и терроризмом, которые возникли в результате этих революционных изменений.

Майор Мотоко Кусанаги, выдающийся и решительный офицер, возглавляет расследование против таинственного хакера, известного как "Кукловод". Этот киберпреступник оставляет за собой след людей с похищенными воспоминаниями. Его тело почти полностью механизировано, что дает ему невероятные физические возможности. В погоне за Кукловодом Мотоко и её команда сталкиваются с множеством препятствий, включая вмешательство других подразделений, таких как Отдел 6, что усложняет расследование.

В процессе поиска Кукловода Мотоко вынуждена задуматься о природе своего существования, о границах между человеком и машиной. Она понимает, что ключ к ответам на её вопросы может лежать только в руках самого Кукловода.