Однажды, главный герой Шиничи Кудо оказался невольным свидетелем мафиозной разборки. Его поймали и вынудили принять странную таблетку. После её употребления герой погрузился в сон, а когда проснулся, обнаружил, что вернулся в тело семилетнего ребенка. Решив разобраться в происходящем, Кудо переехал к своему отцу, который возглавлял детективное агентство. В новом обличье никто не подозревал о его истинных способностях, и этим он решил воспользоваться.

Прошло много времени, и Кудо, известный теперь как Конан, успел распутать множество дел. На этот раз его внимание привлекла копия картины "Подсолнухи" Винсента Ван Гога. Предположительно, шедевр был украден воришкой по имени Кайто Кида во время выставки. Конан немедленно приступил к расследованию, зная, что если картина окажется в частной коллекции, мир больше её не увидит. Это было бы настоящей трагедией для искусствоведов, ведь оригинал был утерян во время Второй Мировой войны.

В погоне за воришкой Конан использует все свои навыки детектива, оставаясь незамеченным в своем детском обличье. Его отец, частный сыщик, и его друзья из детективного агентства оказывают ему неоценимую помощь. Вместе они пытаются выйти на след Киды и вернуть картину на законное место. Каждый шаг расследования становится все сложнее, но Конан не сдается, ведь он знает, что это дело стоит того.