Действие фильма разворачивается в 2185 году, когда лейтенант Джеймс Вега оказывается втянут в хаос, оставшийся после разрушения первой «Нормандии» и исчезновения капитана Шепарда. В системах Терминус начинают бесследно исчезать человеческие колонии, создавая атмосферу страха и недоверия. После неудачной миссии «Властелина» появляются новые, ещё более опасные враги, которые угрожают не только колонистам, но и всему человечеству.

Когда угроза приближается к колонии, которую Вега обязан защищать, ему приходится столкнуться с безвыходным положением. Не ожидая помощи извне, лейтенант решает действовать самостоятельно, полагаясь только на свои силы и команду. Этот выбор напоминает ему о том, как всегда действовал его герой — капитан Шепард. Вега понимает, что теперь он сам должен стать тем, кем был Шепард для него, и принимать решения, которые могут стоить жизни многих.

В процессе борьбы за спасение своего дома, Джеймс постигает цену каждого принятого им решения. Он осознаёт, что не всегда существует правильный выбор, а иногда приходится жить с ошибками, которые невозможно исправить. Этот урок становится для него ключевым в его пути становления настоящим лидером, способным противостоять самым страшным угрозам и защищать тех, кто доверился ему.