После событий, оставшихся за кадром второго фильма, Синдзи Икари пробуждается в мире, который изменился за 14 долгих лет. Он оказывается в окружении незнакомых лиц и не может вспомнить, что произошло. Но с каждым днём его память возвращается, и он начинает понимать, что мир, в котором он оказался, полон опасностей и тайн. Синдзи понимает, что его судьба снова связана с битвами против Ангелов, но на этот раз он не один.

В его пути встречаются неожиданные союзники, которые готовы рискнуть всем, чтобы помочь ему. Однако, не все так просто. Бывшие друзья становятся его противниками, и Синдзи вынужден преодолевать их сопротивление. Каждый шаг к истине становится все более опасным, и он понимает, что его решения могут повлиять на судьбу всего человечества. В этом новом мире, где прошлое и будущее переплетаются, Синдзи должен найти свой путь и сделать выбор, который изменит все.

Снова оказавшись на передовой войны, Синдзи Икари сталкивается с теми, кто когда-то был его близкими. Теперь они разделены идеалами и убеждениями, и каждый из них готов пожертвовать собой ради своей цели. Синдзи понимает, что его выбор не только определит его судьбу, но и может спасти или погубить миллионы жизней. В этом лабиринте лжи и правды, он должен найти свой путь и сделать то, что считает правильным. Но какой же это будет выбор?