Леон Валентине, обычный школьник, неожиданно сталкивается с таинственной игрушкой под названием Бакуган. Эта игрушка оказывается порталом в мир, где Бакуганы — не просто игрушки, а живые существа с магическими способностями. Леон попадает в этот мир и встречает других обладателей Бакуганов, которые, как и он, оказались втянуты в захватывающие приключения. Вместе они решают объединиться, чтобы противостоять новой угрозе, которая грозит их мирам.

Герои узнают о существовании таинственной организации под названием "Генезис". Эта организация собирает самых сильных воинов из разных миров для участия в соревнованиях. Однако, на самом деле, "Генезис" преследует свои зловещие цели, стремясь использовать силу Бакуганов в своих целях. Леон и его друзья решают вступить в бой с "Генезисом", чтобы защитить свои миры и спасти Бакуганов от коварных планов организации. В этом пути им предстоит столкнуться с множеством противников и преодолеть немало испытаний.

В течение своего путешествия герои будут посещать разные миры, находить новых союзников и улучшать свои навыки. Они станут свидетелями удивительных сражений, где Бакуганы и их владельцы демонстрируют невероятные способности. Леон и его друзья будут сталкиваться с множеством препятствий, но всегда найдут способы преодолеть их. История рассказывает о том, как герои, объединив свои силы, преодолевают все трудности, чтобы достичь своей цели и защитить свои миры от угрозы, которая грозит уничтожить все, что они знают и любят.