Действие аниме начинается с нависшей над губернатором Токио угрозы. Вскоре, благодаря феноменальным аналитическим способностям Конана [江戸川 コナン], удаётся предотвратить катастрофу — взрыв в подземном туннеле. Конан, бывший детектив Синъитиро Мияно, ныне превратившийся в ребенка, использует свой острый ум и интуицию, чтобы распутать клубок загадок. Его быстрый ум и способность предвидеть смертельные исходы помогают ему спасти множество жизней.

В ходе расследования Конан получает информацию о возможной связи преступника с деревней, которая была затоплена из-за строительства дамбы. Эта деревня хранит в себе множество тайн и секретов, которые могут иметь прямое отношение к текущим преступлениям. Конан понимает, что преступник не остановится на одном взрыве и готовится к новой атаке. Он должен действовать быстро и решительно, чтобы предотвратить новые жертвы.

Великий детектив, несмотря на свою детскую внешность, бросается в погоню за преступником. Его путь лежит через запутанные лабиринты преступного мира, где каждый шаг может оказаться последним. Конан использует все свои навыки и знания, чтобы раскрыть тайну деревни и остановить преступника. В этом путешествии он не одинок — его поддерживают верные друзья и союзники, которые готовы рискнуть всем, чтобы помочь ему в этой опасной миссии. Вместе они стремятся положить конец зловещим планам преступника и вернуть мир в Токио.