Действие 11-го фильма разворачивается в Тихом океане, на таинственном острове Коми. С незапамятных времен здесь передается легенда о «Подводном дворце» — древних затонувших руинах, где, как говорят, спрятаны сокровища легендарных женщин-пиратов Энн Бонни и Мэри Рид. Эти героини действительно существовали 300 лет назад и стали символом бесстрашия и свободы.

Во время отдыха на острове Коми Когоро, Конан, Ран и «Команда юных детективов» случайно встречают группу охотников за сокровищами. Вскоре герои оказываются втянуты в запутанную историю, полную тайн и опасностей. Конан, будучи в глубине души знаменитым детективом Шерлоком Холмсом, чувствует, что эта легенда скрывает в себе нечто большее, чем просто сокровища.

В поисках правды и сокровищ герои сталкиваются с серией преступлений, которые ставят под угрозу их жизни. Конан и его друзья должны проявить все свои навыки детективного искусства, чтобы распутать клубок загадок и предотвратить новые преступления. В этом путешествии они узнают не только о прошлом, но и о настоящем, где человеческие амбиции и страсти могут привести к самым непредсказуемым последствиям.