В глубинах египетской пустыни археологи сделали сенсационное открытие — гробницу бога Анубиса, который, пролежав в забвении многие века, восстал из мертвых. Теперь его цель — одолеть Фараона, вернув себе былую славу и власть. Между тем, в мире дуэлянтов завершился турнир Баттл-Сити, организованный Сэто Кайбой с целью заполучить карты трех могущественных богов. Победитель турнира, Юги, стал знаменитостью, но его победа лишь начало новой борьбы.

Сэто, узнав о существовании карты, которая может противостоять силам трех богов, немедленно отправляется в Королевство дуэлянтов. Эта карта, принадлежащая Пегасу, оказывается ключом к новой битве. Однако, как и в любом мифе, сила этой карты сокрыта в её тёмной сути, созданной самим Анубисом. Теперь Юги и его друзьям предстоит не только защитить свою землю, но и разгадать тайну древнего проклятия.

В этой истории переплетаются судьбы героев, древних богов и современных технологов. Каждый шаг Юги и его команды приближает их к разгадке, но также и к новым опасностям. Анубис, восставший из пепла, не остановится ни перед чем, чтобы восстановить свою власть. В этой борьбе за власть и истину, каждый должен выбрать свою сторону, ведь судьба мира висит на волоске.