Действие аниме разворачивается в далеком 2071 году, незадолго до Хэллоуина. В столице Марса происходит катастрофа: смертельный вирус, распространяющийся с невероятной скоростью, угрожает всему человечеству. Правительство объявляет огромную награду в размере трехсот миллионов вулонгов (₩) за поимку тех, кто стоит за этим зловещим актом. Эта сумма становится самой большой в истории, привлекая внимание множества охотников за головами.

Экипаж космического корабля "Бибоп" — Спайк Шпигель, Фэй Валентайн, Джет Блэк, Эдвард Вонг Хау Пепелу Тивруски IV и Эйн — также стремятся заполучить эту награду. Однако, помимо них, на поиски виновных отправляются и другие, готовые на все, чтобы получить деньги. Между тем, загадочный Винсент Воладзю, предположительно ответственный за инцидент на Марсе, скрывает множество тайн. Даже создатели вируса посылают своего агента, Электру Овило, чтобы она не только поймала Винсента, но и устранила всех, кто мог бы раскрыть правду о произошедшем.

Вопрос в том, как поймать человека, у которого нет прошлого и будущего? Судьба Марса и, возможно, всего человечества, теперь зависит от экипажа "Бибопа". Им предстоит не только раскрыть тайны Винсента Воладзю, но и противостоять множеству опасностей, которые поджидают их на этом пути. В этой охоте за наградой и правдой, каждый член команды "Бибопа" будет вынужден проявить все свои навыки и смекалку, чтобы выжить и достичь своей цели.