Действие аниме переносит нас в далекий конец XXI века, где человечество рассекает космические просторы на звездном корабле под названием «Аркадия». Внезапно становится ясно, что свобода и независимость могут быть достигнуты только под знаменем «Веселого Роджера», символом космического пиратства.

Вселенная, полная планет, пригодных для жизни, оказывается лишь иллюзией. Единственная планета, где можно жить, — это Земля. Остальные миры, несмотря на их красоту, непригодны для человеческого существования. Именно поэтому Земля становится объектом жадности как для инопланетных захватчиков, так и для самих землян.

Те, кто решается на путь пиратства, навсегда теряют возможность вернуться домой и становятся изгоями. Среди них — наш главный герой, Харлок, продолжающий дело своего отца, космического пирата. Вместе со своей небольшой, но верной командой и подругой Мимэ, Харлок исследует бескрайние просторы космоса, постоянно ощущая одиночество, ведь его детство прошло на звездном корабле.

Харлок не раз становился свидетелем битв космических пиратов с таинственными инопланетянами, прибывающими из самых отдаленных уголков Вселенной. Его отец начал войну с Вотаном, могущественным богом, который командовал всеми космическими чудовищами. Теперь Харлок продолжает эту войну, стремясь отомстить за своего отца и защитить Землю от новой угрозы.