Действие аниме разворачивается в январе 2118 года. Главный инспектор Бюро общественной безопасности [character=68583]Аканэ Цунэмори[/character] получает срочное сообщение о загадочном происшествии на иностранном судне. Вместе с [character=179841]Ацуси Синдо[/character], руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, они спешат на место события. Однако неожиданно расследование передается Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. На корабле обнаружена мертвой Доктор Милиция Стронская, которую [character=179841]Ацуси[/character] пригласил на встречу. За инцидентом стоит организация "Нарушители мира", которую Исполнительный отдел преследовал долгое время.

Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что инцидент связан с исследованием доктора Стронской, известным как "Документ Стронской". Для совместного расследования с Департаментом поведенческих расследований создается специальная команда. В её составе оказывается [character=68315]Шинью Когами[/character], бывший беглец из Бюро общественной безопасности. При помощи [character=75206]Дзёдзи Сайги[/character], последнего, кто общался с доктором Стронской, команда отправляется в Дэдзиму для получения документа. [character=68583]Аканэ[/character] и [character=68315]Когами[/character] оказываются втянуты в крупное дело, связанное с "документом Стронской".

Скрытая правда, способная потрясти японское правительство и систему "Сибилла", готовится к раскрытию. Это нерассказанная история становится связующим звеном между [anime=37442]"Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства"[/anime] и [anime=39491]"Психо-Пасс 3"[/anime]. В центре сюжета — борьба за власть, загадочные убийства и тайны, которые угрожают не только отдельным персонажам, но и всей системе "Сибилла".