В центре сюжета аниме-сериала "Двойной агент" – двое мужчин, чья внешность совсем не соответствует их профессии. Они выглядят как обычные парни, но на самом деле являются профессиональными киллерами. Их повседневная работа – няни, которые присматривают за детьми, когда родители не могут этого сделать. Таким образом, они скрывают свою настоящую профессию и зарабатывают на жизнь, выполняя смертельно опасные задания.

Кадзуру Курусу и Рэй Сува в настоящее время заботятся о маленькой девочке по имени Мири Унасака. Ее родители заняты собственным бизнесом и не могут уделять ей достаточно времени. Кадзуру, несмотря на свои коммуникативные навыки, избегает близких отношений с женщинами и зависит от азартных игр, что создает ему множество проблем. Рэй, с другой стороны, никогда не знал истинную любовь, вырос в семье наемных убийц и привык к жестокости.

Мири Унасака, за которой ухаживают главные герои, на самом деле является дочерью самого влиятельного босса мафиозной организации. Ни Кадзуру, ни Рэй не догадываются о ее истинном происхождении. Сериал "Двойной агент" полон неожиданных поворотов и тайн, которые постепенно раскрываются, создавая напряженный и захватывающий сюжет.