[character=7950]Тэцуро Хосино[/character] — это мальчик, который вынужден жить на улицах, оставшись сиротой после того, как его мать была жестоко убита графом [character=8141]Меха[/character]. Этот трагический инцидент стал поворотным моментом в жизни Тэцуро, заставив его мечтать о мести и о том, чтобы обрести механическое тело, которое, по слухам, можно получить бесплатно на далёкой планете. Чтобы осуществить свою мечту, Тэцуро должен заполучить билет на «Галактический экспресс 999» — космический поезд, который отвезёт его к месту, где сбываются самые смелые желания.

Однажды, пытаясь украсть билет, Тэцуро чуть не попадает в руки полиции. Но в последний момент его спасает [character=6321]Мэйтел[/character], таинственная девушка, которая предлагает ему билет в обмен на её сопровождение в этом путешествии. Так начинается их совместное приключение на борту Галактического экспресса. Вместе они проходят через множество испытаний и встречают разных людей, каждый из которых оставляет свой след в душе Тэцуро. Но останется ли его желание отомстить таким же сильным после всех пережитых событий?

В этом космическом путешествии Тэцуро и Мэйтел сталкиваются с множеством загадок и опасностей. Мэйтел, которая изначально казалась простой попутчицей, постепенно раскрывает свои истинные мотивы и цели. Вместе они узнают о ценности человеческой души и о том, что иногда самые сильные желания могут измениться после того, как человек увидит мир своими глазами. Сможет ли Тэцуро найти в себе силы простить и отказаться от мести ради чего-то большего? И что же ждёт его в конце этого невероятного путешествия?