В мирные дни планеты Земля неожиданно обрушились таинственные летательные аппараты, известные как «Дзай». Эти невиданные доселе машины с легкостью уничтожили все воздушные силы человечества, оставив мир на грани катастрофы. В ответ на эту угрозу, каждая страна начала разработку специального оружия — «Дочерей», управляемых автоматическими системами «анима», которые внешне напоминают обычных девушек.

Прошло уже несколько лет, как Дзай начали свою кровавую кампанию против Восточной Азии. Возвращаясь в Японию на военном флоте, главный герой истории — Кэй Нарутани, стал свидетелем атаки Дзай вблизи Шанхая. В панике и хаосе побега на спасательной шлюпке Кэй увидел, как красный истребитель сбил один из вражеских аппаратов. Однако, не успел он обрадоваться, как истребитель был подбит и рухнул в море.

Без колебаний Кэй бросился на помощь пилоту, но вместо ожидаемого солдата в броне он обнаружил маленькую хрупкую девочку по имени Грипен. Эта девочка, управляющая истребителем, оказалась последней надеждой человечества. Теперь Кэй должен будет защищать её, а вместе с ней и весь мир, от нависшей над ним угрозы.