Рэн Амамия, обычный старшеклассник, становится свидетелем домогательств в одной из ночных улиц. Не раздумывая, он вмешивается, защищая девушку, которую мужчина пытается принудить к нежелательным действиям. Хотя Рэн одерживает верх в схватке, его поступок оборачивается неприятностями: нападавший оказывается влиятельным политиком, а спасенная девушка отказывается свидетельствовать. В результате Рэна обвиняют в хулиганстве и приговаривают к испытательному сроку на год, что заставляет его переехать в Токио и поступить в новую школу.

В столице Рэн поселяется на чердаке кафе «Леблан», принадлежащего старому другу его родителей. Уже в первый день в новом городе он обнаруживает на своем смартфоне загадочное приложение, которое открывает перед ним мир тайн и загадок. По пути в школу Рэн знакомится с Рюдзи Сакамото, своим одноклассником, и вместе они попадают в удивительный альтернативный мир — «Чертог». Здесь их преследует странный человек, похожий на учителя физкультуры, и Рэн пробуждает в себе нечто невероятное — Персону. После побега из «Чертога» и возвращения в реальный Токио, друзья решают разобраться в происходящем и воздать должное учителю физкультуры.

В новой школе Рэн сталкивается с непростыми отношениями и тайнами, скрывающимися за каждым углом. Вместе с Рюдзи и другими новыми друзьями они формируют группу, которая начинает исследовать «Чертоги» — параллельные миры, где скрываются темные стороны человеческой души. Каждый из них пробуждает свою Персону, уникальную силу, которая помогает им бороться с монстрами и раскрывать тайны окружающего мира. В этом путешествии Рэн не только раскрывает тайны своего прошлого, но и учится понимать себя и своих друзей, сталкиваясь с вызовами, которые меняют их жизни навсегда.