Тысячелетия назад Земля была разрушена, но гений по имени Y сумел восстановить её, превратив в гигантский механизм, состоящий из бесчисленных шестерёнок. Так планета стала известна как «механическая планета». Города строились на поверхности этих шестерёнок, но с тех пор любые технологии, производящие электромагнетизм, были запрещены, так как они нарушали работу механизма.

Наото Миура — обычный школьник, увлекающийся механизмами. Однажды на его дом падает древний андроид по имени Рюдзу, созданный великим Y. Наото удаётся отремонтировать Рюдзу и запустить её, после чего она признаёт его своим новым хозяином. Позже выясняется, что Наото обладает уникальным слуховым даром: он может определять малейшие неисправности в механизмах, превосходя в этом даже профессионалов.

Чем же закончится эта история о механической планете и её новых героях? Наото и Рюдзу окажутся в центре событий, которые могут изменить судьбу всей планеты. Вместе они столкнутся с тайнами прошлого и вызовами будущего, раскрывая секреты, которые скрывались в шестерёнках тысячелетиями.