Спустя семь месяцев после завершения Одногодичной войны, бывшее Герцогство Зион преобразовалось в Республику Зион и продолжило борьбу за свою независимость. В последних сражениях войны Дэрил Лоренц пилотировал мощного мобильного воина «Психо-Заку» в секторе «Удар молнии», где их флот успешно уничтожил флот Братства Мур. Однако, вскоре после этого героического подвига, «Психо-Заку» был потерян, и Дэрил вынужден был отправиться на Землю, чтобы собрать информацию о Альянсе Южных морей — военной группировке, входящей в состав Земной Федерации.

В то же время, Ио Флеминг, который в ходе войны неоднократно сталкивался с Дэрилом, был выбран для пилотирования новейшего прототипа мобильного воина — «Атлас Гандам». Его миссия заключалась в том, чтобы отправиться на Землю и противостоять угрозам, исходящим от Республики Зион. Таким образом, два героя, каждый со своей целью и миссией, вновь оказываются на перепутье, готовые бросить вызов друг другу и неизбежным испытаниям, которые ждут их на Земле.

Сюжетная линия аниме пронизана драматизмом и напряжением, поскольку каждый из главных героев преследует свои идеалы и стремится к достижению своих целей, несмотря на все трудности и преграды. Дэрил, с его неутомимой решимостью и глубокой верностью к своей родине, противостоит Ио, чей путь пролегает через испытания и потери, но который не сдается перед лицом неизбежного. В этом противостоянии двух сильных духом персонажей раскрываются темы человеческой веры, жертвы и борьбы за справедливость, делая историю «Атлас Гандам» не просто приключенческим аниме, а глубоко прочувствованным повествованием о выборе и ответственности.