После завершения Второй мировой войны Япония столкнулась с необходимостью защиты своей территории от растущей угрозы терроризма и экстремизма в Тихоокеанском регионе. Для решения этой сложной задачи было создано специальное агентство, которое могло бы рассчитывать только на лучших из лучших. И кто же лучше, чем ниндзя — легендарные воины, прошедшие через жесточайшие тренировки и готовые выполнить любую миссию?

Изначально агентство работало исключительно на территории Японии, но со временем его влияние распространилось на весь мир. Численность сотрудников достигла двадцати тысяч, и ниндзя стали не только защитниками своей страны, но и активными участниками международных операций. Среди этих профессионалов оказался и семнадцатилетний Куро Кумогакурэ, который, несмотря на свою юность, стремился стать полноценным членом команды, готовой противостоять любой угрозе.

Однако, несмотря на свою решимость, Куро ещё оставался старшеклассником, и его жизнь была далека от идеальной картины героя. Он устроился в агентство на полставки, чтобы совмещать работу с учёбой и повседневными проблемами. Таким образом, наш герой должен был балансировать между миром школы и миром смертельных опасностей, стараясь не упустить ни одной детали в обоих аспектах своей жизни.