После освобождения от должности в 501-м секретном отделе, Мотоко Кусанаги [草薙 素子] теперь подчиняется приказам Дайсукэ Арамаки [荒巻 大輔]. Внезапно искусственный интеллект Логикомы [ロジコマ] подвергается взлому, и Бато [バトー] приступает к формированию команды для расследования этого инцидента. Он обращается за помощью к бывшему армейскому офицеру разведки Исикаве [イシカワ] и эксперту по взрывчатке и диверсиям Боме [ボーマ]. Кусанаги также намерена привлечь к делу снайпера Сайто [サイト] и тайного агента Падзу [パズ].

Девятый отдел готовится к очередной операции, на этот раз связанной с взломом искусственного интеллекта. Команда, собранная Бато, должна проникнуть в систему Логикомы и выяснить, кто стоит за этим хакерским нападением. Каждый член команды обладает уникальными навыками, необходимыми для успешного расследования. Исикава привносит в команду опыт разведки, Бома — знания о взрывчатых веществах, Сайто — снайперское мастерство, а Падзу — навыки тайного агента.

В этом новом приключении Девятого отдела каждый участник должен проявить свои лучшие качества, чтобы противостоять неизвестному противнику. Мотоко Кусанаги, как лидер, стремится объединить команду и направить их усилия на раскрытие тайны взлома Логикомы. Впереди их ждут опасные миссии, сложные задачи и неожиданные повороты событий. Каждый шаг команды будет проверкой их навыков и взаимопонимания, ведь только вместе они смогут противостоять угрозе, которая угрожает их миру.