В центре сюжета аниме "Medaka Box" находится Мэдака Куроками, невероятно сильная и харизматичная девушка, которая возглавила студенческий совет академии Хаконива. Её непобедимость и бесстрашие сделали её символом справедливости среди учеников. Мэдака создала специальный ящик для предложений, через который студенты могут обращаться к ней с любыми проблемами в любое время. Вместе с верными товарищами — Зэнкичи, Коки и Моганой — она бросает вызов самым разнообразным вызовам, от сверхъестественных явлений до обычных любовных треугольников.

Сюжет разворачивается, когда на горизонте появляется таинственная организация «План Икс», стремящаяся нарушить спокойствие академии. Лидер этой группировки, Мёри Унзэн, отправляется в академию с целью противостоять Мэдаке. Между тем, председатель Хакама Ширануй не оставляет попыток взять под контроль Мэдаку и учеников класса 13, создавая новые препятствия на пути главной героини. Внезапное появление новых врагов и сложных ситуаций делает жизнь Мэдаки и её друзей ещё более насыщенной и опасной.

В этой истории каждый персонаж проходит свой путь развития, сталкиваясь с вызовами и преодолевая их. Мэдака, несмотря на свою силу, сталкивается с внутренними демонами и вынуждена переосмыслить свои ценности. Её друзья также проходят через испытания, укрепляя свои связи и раскрывая новые таланты. Вместе они противостоят не только внешним угрозам, но и внутренним конфликтам, что делает их команду ещё более сильной и неразделимой. "Medaka Box" — это не просто история о борьбе за справедливость, но и глубокое повествование о дружбе, верности и самопознании.