Действия разворачиваются через 12 тысяч лет после событий первого сезона «[anime=478]Аквариона[/anime]». Мир Акварии претерпел множество изменений, и теперь он готов встретить новых героев, которые возьмут на себя ответственность за судьбу планеты. Новые пилоты, новый Акварион — всё это создает атмосферу, в которой история может быть понята и оценена даже без знания предыстории. Мир Акварии, хоть и похож на наш, но наполнен магией и тайнами, которые постоянно подвергают его опасности. Враги, появляющиеся из другого измерения, не щадят никого, нанося непоправимый ущерб и похищая людей. В этом хаосе оказывается Амата Сора, обычный парень с необычными способностями, которые, к сожалению, приносили ему лишь неприятности.

Амата Сора, с детства окруженный легендами об Акварионе, всегда мечтал стать героем. Однако реальность оказалась куда более жестокой. Его способности, которые должны были сделать его особенным, лишь подчеркивали его одиночество и неприспособленность. Амата стал считать себя бесполезным неудачником, потеряв всякую надежду на изменение своей судьбы. Однако, как и в любой истории о героях, судьба готовит ему неожиданный поворот. Вскоре он окажется втянут в события, которые заставят его переосмыслить свою жизнь и ответственность перед миром, который он когда-то мечтал защищать.

В этом новом, опасном мире Амата Сора обретет шанс доказать, что он не бесполезный неудачник, а настоящий герой. Его путь будет полон испытаний и открытий, которые заставят его вырасти и стать тем, кем он всегда мечтал быть. Акварион, легендарный робот, который когда-то защищал мир, теперь ждет нового пилота, способного управлять им и противостоять силам зла. Амата, возможно, и не готов к этому, но судьба, кажется, уже решила, что он именно тот, кто сможет спасти Аварию и вернуть мир в обычное русло. История Аматы Сора — это история о том, как один человек, считавший себя ничтожеством, может стать тем, кем он всегда мечтал быть, и спасти мир от угрозы, которая казалась непобедимой.