Действие аниме разворачивается вокруг девушки по имени Ноль Два, чье имя на самом деле является кодовым обозначением. Этот код разделяют и другие обитатели ее мира. В начале истории Ноль Два сталкивается с амнезией, вызванной неизвестными причинами. Единственное, что она помнит, — это период своего заключения. Что было до этого, она не может вспомнить. Всплывающие в памяти фрагменты воспоминаний о женщине, которая была ей как мать, лишь добавляют загадок. Эта женщина сыграла ключевую роль в формировании личности Ноль Два, вспоминая однажды, как та подарила ей книгу с картинками, которые стали для девушки настоящим откровением.

События приводят Ноль Два к открытию, что несколько лет назад она была объектом экспериментов в таинственной лаборатории, известной как «Сад». Здесь она встречает Хиро, мальчика с кодовым номером Ноль Шестнадцать. Вдвоем они планируют побег, но их планы рушатся, когда их ловят. В последний момент Хиро обещает Ноль Два, что они будут вместе, но их память стирается, и они забывают друг друга. Однако, в глубине души Ноль Два чувствует присутствие того, кого она когда-то любила, и решает, что найдет его, несмотря ни на что.

История Ноль Два — это поиск себя и своего прошлого, пронизанный загадками и тайнами. Каждый шаг к истине открывает новые слои ее личности и истории. Встреча с Хиро становится ключевым моментом, который заставляет ее переосмыслить свою жизнь и цели. Вместе они пытаются разгадать тайны «Сада» и найти ответы на вопросы, которые мучают их. Это путешествие не только физическое, но и душевное, где каждый шаг к истине становится шагом к освобождению от прошлого и к надежде на будущее.