В мире, где ангелы не оставляют шансов на отдых, Nerv сталкивается с новыми вызовами. В этот период в штаб-квартиру прибывают два неожиданных пилота: Мари Илластриэс Макинами, которая берёт на себя управление погибшим [[Евангелионом-05]], и Аска Лэнгли Сикинами, способная управлять как [[Евой-02]], так и [[Евой-03]]. Их появление добавляет неожиданных поворотов в борьбу с ангелами, но и поднимает новые вопросы о целях и мотивах каждого из них.

Между тем, Гэндо Икари и тайное общество Seele продвигают свой проект по усовершенствованию человечества. В центре этого проекта оказываются Рей, Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса. Их судьбы тесно переплетаются, создавая сложную сеть отношений и тайн, которые постепенно раскрываются. Каждый из них несёт на своих плечах огромную ответственность, и их решения могут изменить ход истории.

В этом хаосе битв и интриг, герои ищут свои истины и пытаются понять, кто же они на самом деле. Мари, Аска, Рей, Синдзи и Каору — все они находятся на перепутье, где каждый шаг может стать последним. Их пути пересекаются в самых неожиданных местах, создавая моменты, которые навсегда изменят их жизни. В этом мире, где ангелы и люди борются за своё существование, каждый должен найти свой путь к истине.