В мире, где человечество столкнулось с безжалостными Зентреди — инопланетными захватчиками, нависла угроза глобальной катастрофы. В ответ на эту опасность, человечество отправляет в космос флот колонизационных кораблей, чтобы обеспечить своё выживание. Одним из таких кораблей является «Макрос Фронтир», на борту которого живёт старшеклассник Саотомэ Альто. Его мир переворачивается с ног на голову, когда во время концерта популярной поп-идолы Шерил Ноум флот неожиданно подвергается нападению неизвестных существ.

В хаосе атаки Альто, чтобы защитить Ранку Ли — девушку, которую он только что встретил, вынужден занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита. Его действия не остаются незамеченными. Частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron», отметив его храбрость, предлагает ему место в своих рядах. Так начинается новая глава в жизни Альто, где он должен научиться управляться с тяжёлыми решениями и защищать не только своих близких, но и весь «Макросс Фронтир».

В этом космическом эпосе, где музыка, любовь и борьба за выживание переплетаются, Саотомэ Альто становится неожиданным героем. Его путь от обычного старшеклассника до отважного пилота проходит через испытания, которые меняют его навсегда. Вместе с Ранкой Ли и Шерил Ноум, он сталкивается с непредсказуемыми врагами и внутренними демонами, чтобы защитить свою планету и тех, кого он любит. «Макросс Фронтир» становится символом надежды и борьбы за будущее человечества.