Икаруга, молодой парень, оставшийся без родных после трагической смерти родителей и бабушки, обнаруживает в наследство лишь старый корабль и подводную лодку. Одиночество и суровый мир заставляют его взять на себя ответственность за собственное выживание. Однако судьба преподносит ему неожиданный поворот, когда он знакомится с девушкой, также стремящейся найти наследство своей бабушки. У неё есть лишь старинная карта с координатами, указывающими на возможное местонахождение сокровища.

Вместе они отправляются в путешествие, надеясь найти что-то ценное. Однако, вместо богатства, они обнаруживают лишь старинный гроб, который, судя по всему, пролежал на дне моря сотни лет. Несмотря на опасения, они решают вскрыть его. Внутри гроба оказывается красивая девушка, похожая на робота. Она представляется как Атри и сообщает, что ничего не помнит о своем прошлом. Икаруга и его новая знакомая решают помочь ей восстановить память.

Так начинаются удивительные приключения, которые кардинально меняют жизнь всех троих. Поиски прошлого Атри становятся для них не только путешествием во времени, но и глубоким самопознанием. Вместе они сталкиваются с опасностями и тайнами, которые заставляют их переосмыслить свои ценности и цели. Этот путь становится не только испытанием для Атри, но и для самих Икаруги и его новой подруги, которые в процессе находят не только ответы, но и новые смыслы жизни.