В центре сюжета аниме-сериала "Двойной агент" – два внешне обычных мужчины, которые работают нянями. Казалось бы, обычная работа для обычных людей, но на самом деле это лишь прикрытие для их настоящей профессии – убийцы. Кадзуру Курусу и Рэй Сува, несмотря на свою жестокую профессию, проявляют невероятную заботу и внимание к детям, которых они присматривают. Их текущая задача – воспитывать маленькую девочку по имени Мири Унасака, чьи родители, владеющие успешным бизнесом, не могут уделять ей достаточно времени.

Кадзуру, несмотря на свои убийственные навыки, страдает от неудач в личной жизни. Он уже давно бежит от настоящей любви, хотя и обладает отличными коммуникативными способностями, что должно было бы помочь ему в общении с девушками. Кроме того, Кадзуру имеет зависимость от азартных игр, что лишь усугубляет его проблемы. Рэй, с другой стороны, никогда не знал, что такое истинная любовь. В детстве он воспитывался в семье наемных убийц, что наложило отпечаток на его взгляды на жизнь и отношения.

Мири Унасака, за которой присматривают главные герои, на самом деле является дочерью самого влиятельного руководителя мафиозной организации. Ни Кадзуру, ни Рэй даже не догадываются о ее истинном происхождении. В этом аниме смешиваются элементы комедии, драмы и боевика, создавая увлекательную историю о двойной жизни и неожиданных открытиях. "Двойной агент" заставляет зрителей задуматься о том, как многогранна человеческая сущность и как часто внешность обманчива.