После несчастливой случайности, унесшей жизни родителей Такэру Яги, мальчика приютил глава семьи Тома — Рокуносукэ. В новом доме Такэру нашёл не только приют, но и друзей, среди которых был его лучший друг и соперник по кэндо — Такэси Ямато, его сводные сёстры Котоно и Асука Сиратори, а также подруга детства Сэри Осу. Эти отношения сделали его жизнь полной радости и приключений.

Однако, однажды, мощное землетрясение превратило его мир в хаос. Школа, где он проводил большую часть времени, превратилась в руины, словно простоявшие столетия. Очнувшись среди обломков, Такэру обнаружил, что все учителя и ученики исчезли бесследно. Вскоре он нашёл Сэри и Асуку, и троица, почувствовав надвигающуюся опасность, спешно покинула разрушенное здание.

Исследуя опустевший город, ребята поняли, что исчезло не только их учебное заведение, но и все население. Теперь им предстоит разгадать тайну этого мистического исчезновения и найти способ вернуться к нормальной жизни. Такэру, Такэси, Сэри и Асука объединяют усилия, чтобы противостоять неизвестным силам, которые изменили их мир навсегда.