В предыдущих эпизодах аниме-сериала "Спираль парадокса" один таинственный персонаж оставался в тени, манипулируя судьбами героев. В первой части он даровал девушке, прикованной к постели, способность к путешествиям вне тела и разделил её на две души. В третьей части этот загадочный маг высвободил скрытые силы Фуджино. Шики, главная героиня, до сих пор не сталкивалась с ним лицом к лицу. В пятой части, озаглавленной "Спираль парадокса", ей предстоит встретиться с этим могущественным магом.

Всё начинается с трагедии, когда родители парня по имени Энджио Томоэ погибают при загадочных обстоятельствах. Энджио, едва избежав смерти, обнаруживает родителей мёртвыми в своей квартире. В шоке он вызывает полицию, но когда полицейский стучит в дверь, отец Томоэ неожиданно появляется у порога, хотя минуты назад был мёртв. Энджио — единственный, кто знает правду о происшедшем. Сначала его собственные родители пытались его убить, а затем бандиты начали преследовать его. К счастью, Шики спасает парня и видит в его душе не убийцу, а жертву.

Шики становится для Энджио единственной опорой и предоставляет ему убежище. С этого момента Энджио начинает ночевать у Шики. Недели сменяются днями, и новости о родителях Энджио так и не появляются. Каждый день кажется похожим на предыдущий, но время перемен приходит. Завеса тайны начинает медленно подниматься, открывая перед героями новые и удивительные истины. Шики и Энджио отправляются в путешествие, чтобы раскрыть тайну, которая изменит их жизни навсегда.