Мирель Буке, одна из самых смертоносных ассасинок мира, каждый день сталкивается с опасностями и преградами. Её жизнь – непрерывная череда миссий, где ошибка может стоить не только жизни, но и свободы. Однако, когда она получает загадочное письмо от незнакомой японской девочки по имени Юмура Кирика, её мир переворачивается с ног на голову. В письме Кирика предлагает Мирель совершить «паломничество в прошлое», чтобы раскрыть тайны, которые скрываются за их рождением.

Кирика, как и Мирель, не свободна от прошлого. Её жизнь также контролируется таинственной организацией, которая манипулирует их судьбами с самого детства. Мелодия, которую она играет на скрипке, вызывает у Мирель воспоминания о трагических событиях, связанных с их прошлым. Объединив усилия, девушки решают проследить за этой мелодией, которая, как они полагают, приведет их к правде о той организации, что стоит за всем.

Единственная подсказка, которую Кирика помнит о себе, – это слово «Noir». Это имя становится их кодовым названием, символизирующим две судьбы, связанные смертью. Мирель и Кирика, две девушки, несущие в своих руках судьбы многих, теперь идут навстречу друг другу, чтобы раскрыть тайны своего прошлого и освободиться от тисков организации, которая управляла их жизнями с самого начала.