Япония таит в себе мрачную тайну: её правительство на самом деле контролируется жестокой группировкой ниндзя под названием Синогара. Лидером этой организации является отец Хятата Канамы, который воспитал своего сына в искусстве убийства. Хятат, однако, не разделяет жестокости своего отца и считает, что такой контроль над страной несправедлив.

Решив положить конец тирании Синогары, Хятат совершает отчаянный поступок: он убивает своего собственного отца. Теперь он объявлен вне закона и преследуется своими бывшими соратниками. Единственное место, где он может на время укрыться, — это тело своей сестры Сиори. В отчаянии Хятат переносит свою душу в её тело, чтобы избежать смерти. Теперь, когда опасность настигает их, Сиори может призвать Хятата, чтобы он использовал свои ниндзя-навыки для защиты.

Однако каждый раз, когда Хятат проявляется, Сиори теряет часть своей личности. Этот неустойчивый союз не может продолжаться вечно. Вопрос в том, как Хятат и Сиори смогут окончательно уничтожить Синогару и освободить Японию от их тирании, прежде чем Сиори полностью потеряет себя? В этой истории борьбы за справедливость и жертвы, Хятат и Сиори должны найти способ противостоять тем, кто когда-то был их семьей.