В отдалённом будущем Земля и большая часть человечества оказались под властью жестокой империи [[Иллюмидус]]. Харлок, известный как капитан «Призрачной смерти», командует космическим крейсером, на котором перевозятся беженцы. Он — один из немногих, кто продолжает сопротивляться тирании инопланетных захватчиков. Однако, после ожесточённого сражения, Харлок терпит поражение и вынужден совершить аварийную посадку на одной из захваченных врагом баз Земли.

На захваченной базе Харлок встречает Тотиро Ояму, гениального инженера, который показывает ему удивительный линкор, созданный по технологиям, утерянным много веков назад. Тотиро называет корабль «Аркадия», в честь легендарной родины клана благородных пиратов-рыцарей Харлоков. Этот корабль становится ключом к будущим победам и надеждой на освобождение человечества.

Харлок, последний потомок древнего клана пиратов-рыцарей, принимает решение продолжить борьбу. Он начинает своё путешествие по галактике, чтобы освободить Землю и всех людей от тирании Иллюмидуса. Вместе с Тотиро и экипажем «Аркадии», Харлок готов бросить вызов не только силам оккупантов, но и судьбе, которая уготовила ему роль спасителя человечества.