Прошло лишь несколько недель с тех пор, как Хибики [立花 響] одержала победу над [character=129793]Кэрол[/character], но её мир вновь погружается в хаос. На этот раз её враг не столь очевиден — это домашнее задание на лето, которое грозит не успеть к началу нового семестра. Однако, угроза исходит не только от школьных тетрадей. Внезапно миру угрожает новая, ещё более опасная сила.

Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア･カデンツァヴナ･イブ], уже известные своими расследованиями, вновь оказываются в эпицентре событий. На этот раз их цель — Александрийский инцидент, который они пытаются раскрыть. В процессе расследования они сталкиваются с Баварскими Иллюминатами — таинственной организацией, стоявшей за [character=129793]Кэрол[/character] и инцидентом Фронтира. Это открытие ставит под угрозу всё, что они знали о мире и его опасностях.

Отправившись в разрушенную войной южноамериканскую республику Вальверде, Цубаса и Мария, наделенные «Мехасимфониями», становятся свидетелями чего-то невероятного. Они видят силу, которая способна не только противостоять, но и одолеть самого Бога. Эта сила, скрывающаяся в тенях, грозит обрушить новые бедствия на человечество. Хибики, Цубаса и Мария должны объединить усилия, чтобы остановить эту новую угрозу и защитить мир от невиданной доселе опасности.