Действие аниме разворачивается в Японии, где период феодализма переплетается с ранним индустриальным развитием. В этом мире самураи и сегуны сосуществуют с паровыми машинами, создавая уникальную атмосферу. Несколько лет назад среди людей начала распространяться страшная эпидемия — вирус, превращающий жертв в агрессивных мертвецов, известных как «кабанэ». Эти существа невосприимчивы к обычному оружию и могут быть остановлены только уничтожением их сердца, защищенного бронированной оболочкой. В ответ на эту угрозу люди построили сеть укрепленных станций-крепостей, связанных железными дорогами, по которым курсируют бронированные поезда.

Главный герой, Икома, — талантливый механик, живущий в городе Араганэ. Его жизнь омрачена потерей близких, ставших жертвами кабанэ. Несмотря на опасность, Икома изобретает новое оружие, способное противостоять этим монстрам, но ему нужна реальная битва для его испытания. Однажды, когда поезд, захваченный кабанэ, срывается с рельсов и врезается в Араганэ, город оказывается на грани катастрофы. Икома видит в этом шанс проверить свое изобретение. Оружие оказывается эффективным, но в ходе сражения Икома получает укус от кабанэ, что ставит его на грань превращения.

Вместо того чтобы стать одним из них, Икома обнаруживает, что он стал кабанери — существом, сочетающим в себе человеческий разум и силу кабанэ. Теперь он обладает невероятной мощью и способностью противостоять этим монстрам. Вместе с другими выжившими жителями Араганэ, Икома отправляется на бронированном поезде «Железная крепость» в сторону Конгокаку, самого укрепленного города, где надеются найти спасение и ответы на вопросы, возникшие после его трансформации. Путешествие наполнено опасностями, но Икома готов рисковать всем, чтобы защитить тех, кого он любит, и найти способ остановить эпидемию кабанэ.