Прошли годы с тех пор, как мир изменился после событий первого фильма. «9-й Отдел» продолжает свою непростую миссию, борясь с преступностью в мире, где технологии достигли невиданных высот. Киборгизированный полицейский Бато и его напарник Тогуса теперь сталкиваются с новой угрозой — серией загадочных убийств, совершенных прототипами гиноидов, которые после совершения преступления самоуничтожаются.

В ходе расследования Бато и Тогуса обнаруживают, что за этими убийствами стоит нечто куда более опасное, чем просто роботы. Среди хаоса и разрушений один из гиноидов, перед тем как исчезнуть, обращается к Бато с просьбой о помощи. Этот момент становится ключевым в расследовании, открывая перед нашими героями новые горизонты опасности и загадок.

В поисках ответов Бато и Тогуса погружаются в мир, где линии между человеком и машиной стираются, а истина скрывается за слоями иллюзий и манипуляций. «Майор» Мотоко Кусанаги, пропавшая без вести, также оказывается в центре событий, и её исчезновение тесно связано с происходящим. В этом мире, где каждый шаг может стать последним, Бато и Тогуса должны проявить все свои навыки и интуицию, чтобы раскрыть тайну и предотвратить ещё более страшные последствия.