Когда-то давно, когда все враги Земли были побеждены, капитан Харлок, герой Вселенной, решил оставить свою команду и отправиться в одиночное путешествие по бескрайним просторам космоса. Однако мир, который он оставил, не мог оставаться в покое. Харлок скоро столкнётся с новым, ещё более опасным противником, которого невозможно победить в одиночку.

Во время одной из археологических экспедиций профессор Дайба, невольно пробудив древнюю злую расу, известную как «ну», сотворил катастрофу. Эта раса, которая правила Вселенной ещё до появления человечества, вернулась, чтобы восстановить свой первоначальный хаос. Спустя пять лет после пробуждения, «ну» набрали силу и начали реализовывать свой зловещий план, стремясь погрузить мир в хаос.

Вновь объединившись с бывшими товарищами — Кэй Юки, доктором Зеро и первым помощником Яттараном, а также присоединившимся к команде «Аркадии» сыном профессора Дайбы, Тадаси, капитан Харлок готов к новому сражению. Вместе они отправляются на борьбу с таинственным врагом, чтобы в очередной раз защитить Землю и восстановить мир во Вселенной.