После долгих и кровавых столкновений между человечеством и разумными машинами, известными как «механоиды», наступил момент, когда обе стороны, устав от бесконечных сражений, вынуждены были заключить перемирие. Земля, когда-то родная планета человечества, теперь практически полностью контролируется механоидами, а человеческая раса вынуждена искать пристанище в отдаленных уголках Вселенной. В этом хаосе один человек, адмирал флота человечества Зеро, продолжает свою борьбу, несмотря на личные потери и утрату.

Зеро, теперь капитан буксирного судна, неожиданно сталкивается с атакой пиратского корабля, известного как «Тень смерти». Несмотря на все свои навыки и опыт, он терпит поражение. Однако этот инцидент становится началом новой миссии: командование поручает Зеро захватить легендарного пирата, капитана Харлока, который, как выясняется, и стоял за атакой. Теперь Зеро, под флагом Независимого Флота, вместе со своим бывшим военным линкором «Кария» и разношерстной командой, состоящей из механоидов и людей, отправляется в опасное путешествие по Вселенной.

Миссия Зеро становится не только поиском легендарного пирата, но и борьбой за выживание человечества в этом новом мире, где границы между друзьями и врагами стираются. Каждый шаг Зеро и его команды полон опасностей и неожиданностей, ведь Харлок не просто пират, а человек, обладающий невероятной силой и интеллектом. В этой борьбе за право на существование, Зеро должен не только победить Харлока, но и найти ответы на вопросы, которые мучают его с тех пор, как он потерял свою семью на войне.