«Дуэльные монстры» — это не просто карточная игра, а древнее ритуальное сражение, которое веками скрывалось в тенях истории. 3000 лет назад, в Древнем Египте, эта игра была известна как «Игра теней», и она была связана с тайнами фараонов. Школьник по имени Юги Муто, случайно обнаружив «Головоломку тысячелетия», древний артефакт, который его дедушка Сугороку Муто нашёл во время экспедиции, открывает перед собой не просто карточную игру, а врата в прошлое.

Собрав головоломку, Юги обретает не просто новые знания, а второе «я» — душу древнего египетского фараона, заточённую в этом артефакте три тысячи лет назад. Теперь мальчик делит своё тело с этой древней душой, которая не помнит ничего о своём прошлом. Вместе с друзьями, Юги начинает участвовать в карточных турнирах, где встречает других обладателей «артефактов тысячелетия». Каждая победа приближает его к разгадке тайны, которая скрывается за утраченными воспоминаниями фараона.

Путешествие Юги и его друзей по миру карточных дуэлей становится не просто соревнованием, а настоящим испытанием, где каждый противник — это часть головоломки, которую нужно собрать. Вместе с фараоном [闇の遊戯], Юги стремится не только к победе, но и к пониманию своей истинной сути. Каждый матч — это шаг к восстановлению утраченных воспоминаний и к разгадке древних тайн, которые могут изменить не только их судьбы, но и историю всего мира.