В 2029 году город Ниихама превратился в мегаполис, где кибернетические технологии достигли апогея. Жители могли заменять свои органы и конечности на механические аналоги, что привело к новой эре интеграции с глобальными сетями. Однако этот прогресс также открыл двери для новых угроз безопасности, которые 9-й отдел общественной безопасности взял на себя борьбу. В центре внимания — Майор Мотоко Кусанаги, выдающийся и решительный офицер, которая возглавила расследование против загадочного хакера, известного как "Кукловод".

Кукловод — это киберпреступник, который оставляет за собой цепочку жертв с украденными воспоминаниями. Его тело почти полностью механизировано, что наделяет его невероятными физическими способностями. В процессе охоты на Кукловода, Мотоко и её команда сталкиваются с множеством препятствий, включая вмешательство со стороны других подразделений, таких как Отдел 6. Это добавляет дополнительные сложности в расследование, заставляя Мотоко не только бороться с преступностью, но и разгадывать загадки, связанные с природой человеческого и искусственного.

Мотоко вынуждена погружаться в раздумья о своем существовании, о границах между человеком и машиной. Она понимает, что ключевые ответы на её вопросы могут дать лишь сам Кукловод. В этом мире, где технологии смешиваются с человеческим разумом, Мотоко должна найти баланс между справедливостью и пониманием, чтобы противостоять угрозам, которые угрожают не только её городу, но и всему человечеству.