Действие аниме разворачивается в Японии, где период феодализма переплетается с ранним индустриальным развитием. В этом мире сосуществуют самураи и сегуны, а также паровые машины и железные дороги. За несколько лет до начала повествования среди людей начал распространяться смертельный вирус, превращающий зараженных в агрессивных мертвецов, известных как «кабанэ». Эти существа, защищенные бронированным сердцем, могут быть остановлены только прямым попаданием в эту уязвимую точку. В ответ на эту угрозу, люди построили сеть укрепленных станций-крепостей, связанных защищенными поездами, чтобы перемещаться между ними.

Главный герой, Икома, механик в депо города Араганэ, потерял своих близких из-за кабанэ и теперь жаждет мести. Он разработал уникальное оружие, способное противостоять этим монстрам, но ему нужна возможность проверить его в реальной битве. Однажды, когда поезд, захваченный кабанэ, срывается с рельсов и разрушает город, Икома видит в этом шанс. Он применяет свое изобретение, и оно срабатывает, но в ходе сражения он сам получает укус кабанэ. Вместо того чтобы превратиться в одного из них, Икома находит способ контролировать вирус, становясь кабанери — существом, сочетающим в себе человеческий разум и силу кабанэ.

Теперь, обладая невероятной силой и способностью противостоять кабанэ, Икома решает отправиться в самый укрепленный город — Конгокаку, на борту поезда «Железная крепость». Вместе с другими выжившими жителями Араганэ, он надеется найти безопасное место и, возможно, способ окончательно победить эту ужасную угрозу. Путешествие будет полно опасностей, но Икома готов рискнуть всем, чтобы защитить тех, кого он любит, и отомстить за своих погибших близких.